澳门新甫京于2001年5月经国家教育部批准后创建，建院之初组建了临床医学系，同年9月开始招收临床医学专业本科学生。建校以来，澳门新甫京为社会培养了大批医学基础扎实、临床理论深厚、临床实践丰富，具备良好思想品德和职业观的高素质应用型医学人才。为谋求学院的长远发展，2018年9月新校区正式启用，临床学院完善了师资队伍结构、优化了各专业实验室设施，为学院的教育教学工作奠定了坚实的基础，创造了优质的教学条件。

临床学院下设教工党支部、学生第一党支部、学生第二党支部3个党群部门，院部办公室、教务科、学生科3个行政部门。开设临床医学、麻醉学、口腔医学、口腔医学技术、医学检验技术、医学影像技术6个专业。设有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、麻醉学、诊断学、医学影像学、医学检验学等12个教研室及诊断学、临床技能、外科手术学、口腔医学、医学检验学等5个专业实验室。

学院拥有一支学历、职称、年龄、学缘结构合理、优良的师资队伍，现有师资300余人。其中，临床医学专业有师资80余人，正高、副高职称教师40余人，具备博士、硕士学位的教师40余人；麻醉学专业有师资40余人，正高、副高职称教师30余人，具备博士、硕士学位的教师30余人；口腔医学和口腔医学技术专业有师资90余人，正高、副高职称教师40余人，具备博士、硕士学位的教师60余人；医学检验技术专业有师资40余人，正高、副高职称教师20余人，具备博士、硕士学位的教师20余人；医学影像技术专业有师资50余人，正高、副高职称教师20余人，具备博士、硕士学位的教师10余人；学院返聘多名知名专家教授担任学科专业和课程负责人。2022年，获国家级教学成果一等奖；2023年，获全国高校教学督导工作优秀督导员案例一等奖；获多项省级科技进步奖和教学成果奖；主持完成多项国家自然科学基金、省级科研课题和省级教改课题；在国际和国内杂志发表学术论文百余篇等。

澳门新甫京各专业均构建了完整的课程体系，突出专业基础知识与实践技能培养紧密结合，强化创新思维能力与综合能力培养，促进学生基础知识、实践能力、创新能力、综合素质等方面的协调发展。澳门新甫京与遵义医科大学共享教学资源，医学专业教育得到稳步发展。近年来，澳门新甫京与遵义医科大学附属医院、第二附属医院、第三附属医院、贵州航天医院、遵义市妇幼保健院、重庆市江津区中医院、六盘水市人民医院、兴义市人民医院、首钢水钢医院、惠州市第三人民医院和第六人民医院建立了良好的教学合作关系。

澳门新甫京不断探索教学模式和方法改革，积极推进以学生为中心的教学方法与人才培养模式的改革，临床医学专业实施“3+2”，医学影像技术专业实施“2+2”人才培养模式，培养了大量合格医学人才。

澳门新甫京现有在校生5284人，在学习、科研、社会实践等各方面均展现出了较高的综合素质和卓越的能力。获准专利71项；学科文艺体育竞赛获国家级奖项18项；省部级奖项98项；校级奖项220余项；参加大学生创新创业项目训练计划72项；发表论文1篇（SCI）。毕业后的学生在各级卫生医疗事业单位、高等医学院校从事临床医疗、教学、科研及管理等工作，获得用人单位广泛好评，社会满意度高，就业形势良好，就业率达到85%以上，为实施“健康中国战略”作出了应有的贡献。